Ash en zijn vrienden arriveren in Violet City, waar Ash hoopt zijn eerste Johto League-badge te verdienen bij de lokale sportschool. Terwijl ze door de stad dwalen, stopt Pikachu om aan wat bloemen te ruiken, maar wordt aangevallen door twee schoolkinderen die met hem willen spelen. Pikachu dreigt hen een schok te geven, waardoor Ash hem snel wegtrekt, maar zelf wordt getroffen door Pikachu's Thunderbolt. De kinderen leggen uit dat ze dachten dat Pikachu wild was, maar hun verklaring wordt onderbroken wanneer een vrouw naar buiten rent en de kinderen vertelt dat ze in de klas moeten zijn.
De vrouw, Miss Priscilla, legt uit dat de kinderen haar studenten zijn aan de Pokémon Academie, waar ze hen leert over Pokémon-training zodat ze opgroeien tot Trainers. Brock biedt aan om de kinderen wat van hun Pokémon te laten zien, waar de studenten enthousiast over zijn. Ash vertelt hen over zijn prestaties in de Indigo Plateau Conference, maar een jongen genaamd Zackie vraagt waarom ze naar hem zouden luisteren als hij niet de winnaar was. Misty stelt voor om naar buiten te gaan zodat ze de kinderen hun Pokémon kunnen laten zien.
Later vertelt Miss Priscilla Ash en zijn vrienden over de Sprout Tower en nodigt hen uit voor een excursie naar de toren. Terwijl ze praten, vraagt Zackie aan Pikachu of hij zijn Pokémon wil worden en Ash wil vergeten. Pikachu weigert, maar Zackie probeert hem te vangen. Ash rent erachteraan en belooft Zackie dat ze naar de Sprout Tower zullen gaan zodra Pikachu is gevonden.
Zackie spot Pikachu's oren uit een struik steken en gooit een Poké Ball erachteraan. Pikachu rent weg, maar Zackie vangt een wilde Bellsprout in plaats daarvan. Team Rocket verschijnt en bedankt Zackie voor het vangen van Pikachu. Ze proberen Pikachu te stelen, maar Zackie weigert. Ash stelt voor om Pikachu terug te nemen en Zackie terug te brengen naar de groep, maar Zackie wil het zelf proberen.
Team Rocket, met een plan om Pikachu te krijgen, simuleert een brand in de Sprout Tower. Ze overtuigen Miss Priscilla om de klas te evacueren. Ash komt aan bij de toren en probeert het vuur te blussen, maar Team Rocket verschijnt en nodigt hem uit om te zien wat ze aan het doen zijn.
Binnen proberen ze de Sprout Tower de ruimte in te sturen tenzij Ash Pikachu overhandigt. Ash weigert, maar Pikachu geeft zich vrijwillig over. Team Rocket bindt Pikachu vast en dreigt de toren te lanceren. Zackie komt tussenbeide en laat Bellsprout Razor Leaf gebruiken om de afstandsbediening uit Meowth's handen te slaan. Bellsprout stopt Lickitung met Razor Leaf, en Ash en Zackie bevrijden Pikachu voordat Team Rocket vlucht.
Ash neemt afscheid van de studenten en Zackie wenst hem succes in de Johto League. Zackie zegt dat hij met Ash zal vechten zodra zijn Bellsprout evolueert naar Weepinbell en uiteindelijk naar Victreebel.
